Wie viel ein Kontroller schaft hängt vom protokoll ab. Die UART mit viel Stopbits hat den Vorteil, dass man einen Kanal in Hardware machen kann. Dazu Parallel sollte man dann noch einen ein Software empfangen können, wobei man da wohl mehre Eingänge für überwachen kann. Das ist also Gleichzeitig ein Hardware Signal und eines von etwa 8 möglichen in Software.

Nur mal interressehalber, wofür soll das weren ? Vielleicht ließe sich ja noch was an Strecke änderen um auch langsamer senden zu können. Möglich wären z.B. 2 IR LEDs hintereinander.

So schlimm wären 2 Kanäle je Kontroller auch nicht, schließlich solle da schon ein Tiny2313 oder Mega48 reichen. Ein Mega640 hat sogar 4 hardware UARTS, das sollte für 4 bis 5 Kanäle reichen, ist aber recht groß.