Theoretisch müssten die auch beendet werden (ich glaube bei Bascom gibts nen END SUB oder sowas, weiß ich aber nicht genau).
Ausmachen dürfte es jedoch, aufgrund der DO .. LOOP geschichte, nichts, weil er da ja eh nicht mehr raus kommt..

Versuch mal:
...
Automodus:
Enable Timer1
Timer1 = Timervorgabe
Do
...

Wenn er dann auch direkt reinspringt versuche es mal so:
...
Automodus:
Timer1 = Timervorgabe
Enable Timer1
Do
...

Berichte mal was sich tut...