Ich kenne mich jetzt mit Bascom leider nicht so genau aus, wie Bascom den Timer konfiguriert.
Aber wenn er beispielsweise bei 0 anfängt, unf herunter zählen lässt, bekommst du logischerweise direkt am Anfang einen IRQ und somit steht der Zähler schon am Anfang auf einer Sekunde.

edit: sorry ich bin grad irgendwie nich beim AVR gewesen, der müsste eigentlich immer hochzählen!
Aber vielleicht wird der zähler am anfang irgendwie vorgeladen und erreicht daher direkt einen overflow?!?
Am besten mal debuggen und schauen wie die Timer Register aussehen, nachdem der Timer initialisiert wurde!