Die bootloader verwenden meistens ein software Protokoll um die Daten zu übertragen. So weit ich weiß werden jeweils größere Datenblöcke von ca. 256 Bytes vom PC übertragen und der Controller prüft dann per Checksumme oder so ob die Daten richtig angekommen sind, schreibt die Daten dann ins Flash und fordert dann die nächsten Daten an. Zum nachlesen wüde ich ein Paar von den vielen schon existierenden Bootloadern empfehelen.