Also erstmal zur Frage, warum ich Ponyprog nehme. Der Grund ist ganz einfach:

Bei Ponyprog muss man sich keine Gedanken um Fusebits machen, da die negierten Bits vom Ponyprog intern nocheinmal negiert werden. Das ist der einzige Vorteil.

Debugging geht entweder nur mit einem JTAG Debugger auf dem Gerät oder mithilfe eines DeviceEmulators im AVRStudio. Vielleicht kann man eine ähnliche Lösung auch noch im Visual Studio umsetzen.