Ich kenne die C-Control nicht aber das programmieren wird eher ein Hardwareproblem sein, die Schnittstelle am C-Control wird nicht zu AVR-Studio passen. Du brauchst einen ISP-Schnittstelle und entsprechenden Programmer dazu.
Es gibt hier auch eine eigene Rubrik für C-Control, vieleicht stellst du die Frage mal dort, es werden sicher auch andere mir dem AVR-Studio arbeiten.