Die eleganteste Lösung wär allerdings einfach einen Bootloader in den Atmega zu schreiben. Dann brauchts keine ISP-Hardware auf der Platine sondern das Gerät wird einfach über eh schon vorhandene Schnittstellen (oder, falls es keine gibt, z.B. einen MAX232 integrieren - dann hast Du Deine serielle Schnittstelle) programmiert.