die serielle schnittstelle ist ja im prinzip dazu gedacht, geräte über eine gewisse entfernung (einige meter) zu verbinden. die ISP schnittstelle dagegen nicht. deshalb wirds besser klappen, wenn die ISP verbindung kurz und die serielle verbindung lang ist. das bezieht sich aber nur auf eine echte serielle verbindung (uart an den beiden seiten des kabels). bei eingen "seriellen" ISP programmern wird die serielle schnittstelle allerdings mißbraucht, indem nur einige pins dazu verwendet werden die ISP signale zu übertragen (anstatt einer echten seriellen verbindung mit z.b. parity-bits, etc.) bei so nem pseudo-seriellen anschluß ist die datenübertragung auf der seriell-seite vermutlich gleichschlecht wie auf der isp-seite. in dem fall sollten beide verbindungen nicht länger als unbedingt nötig sein.

an deiner stelle, würde ich mir überlegen, ob nicht ein usb-isp adapter sinnvoller wäre. seriell kommt eh aus der mode (insbesondere bei notebooks, du willst das ja vermutlich unterwegs machen)