Du musst ja den Mega168 ebenfalls mit Strom versorgen. An dem Spannungsregler hast du ja "IN", da liegen die +V von deinem Netzteil, Gleichrichter, Akku, oder was du sonst verwendest. "OUT" da kommen dann die +5V heraus die auf VCC gehen und in der Mitte "GND", das ist der -Pol vom Netzteil, Gleichrichter oder Akku. Dieser GND ist für alle Bauteile in deiner Schaltung gleich und gehören auch miteinander verbunden. Es ist also nicht irgend ein Potential.
Die +5V und GND vom Mega168 und Programmer sind miteinander verbunden.