Den Spannungsfall über der Diode zu messen dürfte wenig aufschlussreich sein, da dieser immer so gross ist, wie die Durchlasspannung der Diode.
Was funktionieren dürfte, aber ich weiss nicht, ob das schnell genug ist, ist mit einem Hallsensor den Strom zu erfassen.

Was ich mir denken könte, was auf jeden fall geht ist, in Reihe zu der Diode einen kleinen Widerstand schalten ~0,5 - 1 Ohm und dann die Spannung direkt am Motor messen.
Vorsicht ist in dem Falle nur geboten, damit der Eingang das A/D- Wandlers nicht eine zu hohe Spannung abbekommt. Also spannungsteiler vorschalten und eventuell noch eine Z-Diode

Florian