Es gibt immer Fertigungstoleranzen, allerdings sollten die eigentlich nicht so gravierend sein. Es sei denn, die Motoren sind so knapp bemessen, dass schon bei der geringsten Belastung ein Schrittverlust auftritt.
Desweiteren würde mir noch die Zuleitungen zu den Motoren einfallen. Wenn eine etwas höherohmiger ist als andere (z.B. Strippe "angebrochen"), kanns das auch schon sein.

Oder aber... hast Du einen der Motoren mal auseinandergenommen gehabt? Das mögen Schrittmotoren nicht weil dann die Magnetisierung schaden nimmt, soweit ich weiss.