Die Geschwindigkeit von Dioden wird erst dann ein Problem, wenn es darum geht schnell von Durchlaß in Sperrichtung zu Wechslen. In die andere Richtung hängt das nur von der Länge der Zuleitungen ab.

Shottky-dioden sind als Schutzdioden nicht gut, denn sie haben einen eher großen Leckstrom.
0,7 V unter GND oder über VCC sind wirklich nicht gut, aber dafür ist ja der extra 1K Widerstand vor dem AD Eingang. Der AVR hat intern eigene Schutzdioden, die einen kleinen Strom vertragen können. Selbt wenn vor dem Widerstand 1 V unter GND vorhanden sind, sind das dann weniger als 1 mA für die internen Schutzdioden.