Die Hochgenaue Referent würde ich auch extern aufbauen. Normalerweise reicht es auch aus einmal (ggf. jedes Jahr) eine genau bekannte Frequenz nachzumessen und den Kalibrierfaktor neu einzustellen. Das sollte für normale Anwendungen ausreichen.

Die Umschalter für das Eingangssignal zum ICP pin solle mit zum Prozessor (z.B. 74HC152 oder 74HC4053). Genauso ein normaler Vorteiler.
Der Vorteiler für extra hohe Frequenzn (U813) sollte dagegen eher extra, zusammen mit dem Eingangsverstärker zum, Frequenzzähler.

Das mit dem Miliohmmeter ist so eine Sache. Wenn man das störsicher aufbauen will, würde ich daszu eine Art Lockin Technik benutzen. Wird nicht unbedingt aufwendig von der Hardware. Wenn man das allerdings schon hat, kann man auch gleich Induktivitäten damit messen.