Das könnte ein Problem sein, wenn der Controller mit der Ausführung nicht mitkommt. Da der Interrupt dann gleich nach Beendigung der ISR wieder ausgelöst wird, läuft das Hauptprogramm nicht weiter.
In deinem Fall ist das aber nicht so schlimm, da nach dem zweiten Ablauf der Prescaler und die Vorbelegung des Timers geändert werden.
Die Mindestdauer für den Teil des Signals, der nach der konstanten ms kommt, ist natürlich die Zeit, die deine ISR braucht um zweimal abzulaufen(und das ist auch die Zeit, die das Hauptprogramm bei sehr kleinen Werten unterbrochen wird.).
Es ist übrigens möglich, ein Servo durch Pulslängen ausserhalb von 1-2ms über die Vollausschläge hinaus zu steuern. Das tut dem Getriebe dann garnicht gut (erkennt man dann an einem knirschenden Geräusch).