1. Bei den Atmega-s kann man die Interrupt Eingange so konfigurieren, dass bei jeder Änderung ein Interrupt auftritt.

2. Weiters muss Du beachten, dass Du eine genügend hohe Abtastrate hast (Shannon'sches Abtastheorem). Ausserdem kommt bei Dir nur dann ein Interrupt an, falls die Impulslänge einen Mindestwert erreicht.

3. Messe mal die Pegel, es kann gut sein, dass da was faul ist

4. Wie ist die Taktfrequenz des Prozessors? Du musst sicherstellen, dass Deine Interruptfrequenz unter ALLEN Umständen schneller abgearbeitet wird, als dass ein neuer Interrupt auftreten kann.