Das mit der Flankenumkehr habe ich noch gar nicht probiert. Das ist natürlich besser als zwei Interrupts zu verbraten.
Als Empfänger habe ich eine "normale" Fotodiode mit Tageslichtsperrfilter SFH205 in Reihe mit 50K als Spannungsteiler

+Vcc .
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R
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. ....... Int 0/ Int 1 Atmega8
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SFH205
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GND

Das das Signal zu schwach ist könnte bei hohen Frequenzen vielleicht stimmen, aber das klappt ja auch bei einer hingehaltenen IR-LED schon nicht.

Gruß