Bei deinem Ansatz wird der Alarm auch ausgelöst, wenn 3mal das Auto abgeschlossen wurde oder so...

Code:
$regfile = "m16def.dat"
$crystal = 4000000
$baud = 19200



Dim Sek As Byte
Dim Ms As Integer
Dim Zaehler As Byte

Config Pinb.0 = Input
Config Portb.1 = Output
Config Portb.2 = Output

Alarmeing Alias Pinb.0
Ausgang Alias Portb.1
Led Alias Portb.2

Do
   Gosub Msek

   If Alarmeing = 1 Then
      If Zaehler = 0 Then
         Ms = 0
         Sek = 0
      End If

      Zaehler = Zaehler + 1

      If Zaehler = 3 Then
         Gosub Alarm
      End If
      Do
         Gosub Msek
      Loop Until Alarmeing = 0
   End If

Loop
End


Msek:                                                       'Jede Millisekunde
    Waitms 1
    Ms = Ms + 1
    If Ms = 1000 Then
       Sek = Sek + 1
       Ms = 0
    End If
    If Sek > 10 Then                                        'zaehler zurücksetzen, wenn innerhalb 10 Sek die 3 Töne nicht erreicht worden
      Zaehler = 0
      Sek = 0
      Toggle Led                                            'LED zur Signalisierung, dass das Programm arbeitet.
      Reset Ausgang
    End If

Return

Alarm:
   Sek = 0
   Set Ausgang                                                 'z.B. für LED Anzeige oder einem Relais, welches das Handy einschaltet
   Wait 1                                                      'evtl länger warten, falls Handy "Hochfährt"
   Print "atd+49xxxxxxx;"
   'Input "atd+49xxxxxxx;"
   Wait 40
          'evtl einlesen, ob ein OK vom Handy kommt.
   Reset Ausgang                                            'abschalten der LED oder des Handys
Return
edit: Bei deinem Codeansatz wird immer Alarm ausgelöst