Eigentlich ist ja schon alles gesagt. Das man AVCC nicht intern mit VCC verbunden hat, ist eigentlich nur dadurch begründet, das man so einen Filter einbauen kann. Im Datenblatt (DB) Pin Descriptions / AVCC, bzw. das Bild 106 in Analog to Digital Converters/Analog Noise Cancelling Technics.
Im DB bild 98 sieht man deutlich, das entweder AVCC oder die 2,56V auf den 10Bit DAC geschaltet werden. Da der AREF Pin damit verbunden ist, ist der jetzt ein Ausgang, der aber nicht belastbar ist.
Will man eine externe Referenz verwenden, so ist AREF ein Eingang und die internen Referenzen müssen per Software abgeschaltet werden.
Will man sich alle Optionen offen lassen, muss der Anschluss an Pin AREF abschaltbar gemacht werden.