Ok, hab den Fehler gefunden- es läuft jetzt und schreibt auch in die Datei.
Es lag daran, dass ich noch die anderen Pinb.... im Config_MMC.bas auf pinb.4 - 7 zu ändern. Also zu den noch offen fragen oben kann ich beantwortend sagen, dass ein C:\ (wie in manchen programmcodes gefunden) nicht nötig ist. Die Pins muss man für einen ATMEGA32 allerdings von 1-4 auf 5-8 in der Config_mmc.bas ändern...

Wichtiger Hinweis:
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Ausserdem muss man dann das Board nach dem Flashen vom Strom trennen ca 2 sek. warten und es dann wieder mit strom versorgen. Danach ca 7 sek warten bis das Board die Befehle ausführt. Trennt man es nicht nach dem flashen vom strom dann bekommt man beim initfilesystem(1) den Returncode 277. Hat übrigens auch wegen einer nagelneuen 512-MB MMC-Karte von HAMA nicht funktioniert - dafür aber mit einer 5 Jahre alten 64 MB-Karte.
Gruß
Sascha