Als Datenbank-Fuzzi, der sich nebenher mit myController befasst würde ich aus dem Bauch heraus folgende Variante zur Lösung heranziehen:

1. Atmel sammelt Daten
2. Atmel schreibt auf eine SD-Card, denn das geht auch mit Bascom
3. Ausgabe sequentiell als Datenstream, wie in eine Textdatei. Ist am schnellsten
4. Wenn Messung erfolgte, wandert die SD-Card in den PC, der sich die Daten dann reinzieht, indem er die Textdatei zerpflügt.

So würde ich es angehen, denn es sind alle gewünschten Parameter gegeben. Portabilität (Batteriebetrieb), Unabhängig vom PC, Massenhaft Platz für Massenhaft Daten. Verarbeitung der gesammelten Daten erfolgt Offline, also keine Probleme wegen Verbindung Atmel <-> PC