Meinen mega168 hatte ich bei der Initialisierung der PWM mit

Code:
TIMSK1 |= (1<<TOIE1);
programmiert. Dabei kam, unabhängig von der PWM, ein Interrupt - den ich allerdings nicht wollte. Ich musste ihn daher bei der PWM-Initialisierung explizit verbieten:
Code:
TIMSK1 &= ~(1<<TOIE1);
Vielleicht ist das auch DEIN Weg?