Die AT91... von Atmel haben recht wenig mit den AVRs zu tun. Deshalb sollte es mich wundern wenn man sie mit dem STK500 programmieren oder mit WinAVR dafür Code compilieren kann ...

Es gibt aber eine GCC Portierung für die ARM Mikrocontroller ( wie eben die AT91... ), man kann sie also auch in C programmieren. Schau auch mal hier ( ist zwar kein AT91... aber auch ein Mikrocontroller mit ARM Kern ) http://www.mikrocontroller.net/wiki/LPC-P2106. In der Wiki gibts einige Informationen zu den Mikrocontrollern...

MfG Kjion