Die AT91er sind eigentlich die gleichen wie die ATmega´s nur ziemlich abgespeckt. Programmieren tut man die auch mit avr-gcc, also WinAVR.
Schau dir halt einfach des Datenblatt und die #include Datei von WinAVR
an. Schwierigkeitsgrad denkt ich ist eher leichter da die ja viel weniger Funktionen haben. Neues Programmiergerät brachst du eigentlich nicht, fallst du das STK500 hast dann sowieso nicht.
Gruß Muraad