Wenn es ein DCDC-Wandler mit Potentialtrennung ist dann solltest du vorsichtig sein, bei einer äusseren Verbindung könnte der Wandler Schaden nehmen. Das sollte allerdings im Datenblatt klar ersichtlich sein, im Normalfall ist es möglich.
Wenn du die Motoren an der Batterie und den Kontroller am Wandler betreibst kann das nicht richtig funktionieren.
Also nachsehen ob eine Masseverbindung zwischen Eingang und Ausgang des Wandlers möglich ist, wenn nein, für den Kontroller eine andere Stromversorgung wählen.