Hm. Vielleicht hilft dir das weiter:

Ich habe bei mir den 2560 per USB mit nem PC verbunden. Beide unterhalten sich seriell. Mein Sourcecode für den Atmel liegt hier:
http://mrs.svn.sourceforge.net/viewvc/mrs/mrs-avr/
(Nur die Dateien main.* und usart.*)

Der für den PC hier:
http://mrs.svn.sourceforge.net/viewv...mrs/trunk/src/
Hier die Dateien mrs.* (Hauptprogramm) und interface.* (Klassen zur Kommunikation mit dem MC) sowie qextserial*.* für das Ansprechen des seriellen Ports.

Meine Sourcecode-Doku liegt hier:
http://www.direcs.de/doxygen/classes.html

Basiert alles auf dem Qt-Framework - also unter Windows und Linux lauffähig. Letzteres habe ich im Einsatz (Debian).

Vielleicht hilft's weiter...