So, bei mir ist der Durchbruch gelungen 
Jetzt hab ich die ganze Registerfummelei endlich durchblickt. Habe jetzt beide PWM-Pins am Counter1 aktivieren und für meine Zwecke konfigurieren können. Letztendlich lag es daran, dass die Angaben für COM1Bx gefehlt haben.
Was untenstehender Code tut, ist dokumentiert. Mir reicht im Gegensatz zu Ozzy 8-bit PWM, daher ist die Konfig etwas anders. Die OCR1x Register geben an, ab wann der Pin auf Low gelegt wird (also je höher der Wert, desto länger liegt HIGH an). Was ganz praktisch ist beim Testen: Prescaler auf 1024 stellen, dann kann man die LED schon blinken sehen 
Ich teste das jedoch mit einem Motor (mit nem L293d) und der macht komische Summgeräusche, wenn ich den Prescaler z.B. auf /8 setze. Bei /64 hört man jedoch kräftigere Vibrationen. Ist das normal oder gibts da nen Trick dagegen?
Code:
DDRB |= (1<<PB1)|(1<<PB2); // Port B1/B2 als Ausgang
TCCR1A =
(1<<COM1A1)|(0<<COM1A0)| // PB1 auf low, wenn TOP1 (->OCR1A) erreicht
(1<<COM1B1)|(0<<COM1B0)| // PB2 auf low, wenn TOP2 (->OCR1B) erreicht
(0<<WGM11)|(1<<WGM10); // PWM, phase correct, 8 bit
TCCR1B = (0<<CS12)|(1<<CS11)|(1<<CS10); // Prescaler auf /64
OCR1A=127; // On-Zeit für PB1
OCR1B=30; // On-Zeit für PB2
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