Was ist denn mit dem Attiny26?
Man kann im Timer Overflow Interrupt einen weiteres Register mit hochzählen und kriegt somit aus dem 8Bit Timer auch einen 16, 24, 32... Bit Zähler raus.

Wenn der Platz und der geringfügig höhere Preis keine so grosse Rolle Spielen würd ich auch den ATMEGA 8 nehmen.

Geh doch mal bei Google mit den Suchbegriffen "frequenzzähler AVR quellcode" rein. Da kommen dann so einige Beispiele wie zum Beispiel der hier: http://www.avr-asm-tutorial.net/avr_...fcount_m8.html
Da sollte bestimmt was passendes dabei sein.