Das Problem hatte ich auch. Ich hatte einen parallelen Programmer und nach der Anschaffung eines Laptops hatte ich nur noch USB und (Gott sei Dank) auch eine Serielle Schnittstelle zur Verfügung. So einfach ohne einen Programmer kannst du deinen AVR nicht flashen. Das geht zwar mit ein paar Tricks, ist aber summa summarum noch recht fehleranfällig. Ich habe mir daher dann einen AVR910 zugelegt und den über RS232 (Com_port meines Laptops) betrieben. (Schleichwerbung: OB-Elektronik). Den kann man angeblich auch mit einem USB<->RS232-Adapterkabel verwenden.
Wenn du die aktuelle Version von WINAVR (+AVRDUDE) verwenden willst wirst du Dich aber wieder ärgern: es gibt nämlich irgendeinen Bug, der das ordentliche Flashen verhindert. Nach einem Downgrade der AVRDUDE.EXE und AVRDUDE.CONF klappt aber alles einwandfrei (ich habe diesbezüglich auch mal einen Thread aufgemacht).