Könnte es funktionieren wenn ich MISO, MOSI und SCK parallel zur normalen Inrarorschnitstelle abgreif und dadrüber programmiere?
Das hängt davon ab, welchen Programmierer Du benutzt. Bei einem Programmiergerät wie z.B. der AVR-Dragon mit eingebauten Treibern geht es. Bei Programmieradaptern, die nur mit Dioden oder Widerständen aufgebaut sind, nicht.

http://www.roboterclub-freiburg.de/a...moAdapter.html

Gruß,
robo