Hi,
teilweise wurde ja schon einiges geklärt. Trotzdem gebe ich noch meinen Senf dazu

Wenn sich die IRQs überlappen, stört das nicht, solange nicht der gleiche nochmals kommt. Die IRQs, die nicht sofort bedient werden können, werden zwischengespeichert, sofern sie aus einer anderen Quelle stammen.
Du kannst natürlich alle möglichen verschiedenen Methoden für die Auswertung der Encoder gleichzeitig verwenden. So habe ich das auch gemacht. Die zeitkritischen über INT (bei mir ca.8kHz). Das habe ich jetzt so gelassen, obwohl ich den in die Polling Routine noch mit rein nehmen könnte, aber das muß ich noch austesten.)
Wenn es etwas langsamer sein darf: Pollen (und zwar mit der doppelten Abtastfrequenz, wie oben schon korrekt von jeffrey angemerkt wurde. Bei mir werden mit 28kHz 2 Encoder per Polling gleichzeitig ausgelesen, wobei bis jetzt nur einer getestet wurde.)
Je mehr Encoder Du gleichzeitig auslesen willst, desto eher lohnt sich das Pollen, da Du zwar mit der doppelten Abtastfrequenz arbeiten musst, aber dafür nur einen Timer benötigst.

Gruß
pctoaster