nun gut, wenn man aber jetzt bedenkt das sagen wir alle 300us ein Interrupt ausgelöst wird, was ist denn wenn der andere Encoder innerhalb dieser 10us auch einen Impuls auslöst?
Während der 10us im ISR sind ja alle weiteren INT deaktiviert. Kann es da nicht passieren das ich dann etwas verliere oder der Controller sich verzählt?
Denn die beiden Encoder laufen ja nicht synchron sondern wahrscheinlich minimal unterschiedlich schnell. Das heist die Impulse der beiden Encoder können sich sehr schnell auch mal überlagern oder sogar gleichzeitig kommen.
Das würde halt alles bei der Timer als Counter methode keine Probleme bereiten.

@pctoaster: Hast du nähere Daten zu deiner 3-Achs Steuerung? Die Umsetzung würde mich interessieren.