Das war eben meine Frage nach dem AVR-Studio. Wenn ich etwas schreibe, dann habe ich die Dateien in dem entsprechenden Ordner mit einem *.aps File. Mit anklicken des *.aps geht das AVR-Studio auf und lädt die Dateien automatisch.
Öffnet man das AVR-Studio direkt, dann kommt ein Fenster und bietet vorhandene Dateien an.
Mir ist daher dein Problem nicht klar, vieleicht gibt es noch eine Möglichkeit die ich nicht kenne.