Hallo Franz,
überleg doch, was im Umpolmoment passiert:
Der Motor dreht aufgrund seiner Trägheit weiter. Die Spannung ist aber verpolt. Damit wirkt er als Generator, aber entgegen der der Akkuspannung. D.h. du hast mehr als einen Kurzschluss.

Für den Controller wirst du wahrscheinlich einen LInearregler verwenden. Schalte vor diesen einen kleinen Elko (den du dort sowieso wegen Schwingen hast) und davor eine Diode. Dann hast du den Controllerteil zumindest teilweise vom Leistungsteil entkoppelt. Sag dann, ob es etwas gebracht hat.