Hi,

ist nur ne Vermutung ....:
Zunaechst laeuft auf dem RP6 noch nichts (sagst Du ja selbst), also kann er auch nicht auf irgendwelche Steuerbefehle reagieren!
Du benutzt den mitgelieferten USB-Adapter. Ueber den kann per RESET der RP6 auch ferngestartet werden. (Normalerweise ueber den RP6Loader.)
Wenn Dein Programm (beim Beenden?) ein RESET ausloest, wird der RP6 gestartet und ist dann empfangsbereit. Deswegen klappts es dann beim zweiten Lauf Deines Programms, der RP6 ist empfangsbereit.
Also sollte es auch funktionieren, wenn Du statt dem Neustart Deines Programms den RP6 per Reset-Taster startest.

HTH
Kay