Für mich hat sich folgendes Vorgehen bewährt: Ich druck' auf beide Vorlagen die Befestigungslöcher, klebe eine Vorlage mit etwas Tesa auf die Platine, bevor ich die Schutzfolien abziehe und bohre die Löcher mit 'nem 0,3er Bohrer. An diesen Löchern werden dann die Vorlagen für beide Seiten nacheinander ausgerichtet, wieder mit etwas Tesa fixiert und dann belichtet.
Denn oft sind, insbesondere bei den Epoxid-Platinen, die Kanten m.E. nicht sauber genug geschnitten, um als Bezugspunkte herzuhalten.