Hm, dann wirs echt schwierig.

Man kommt für den USB halt echt nur sehr spärlich an Daten ran. Und schon gar nicht an Befehle. Das sucht man sich nen Wolf.
Du musst dem Stick ja auch erstmal eine Adresse zuweisen und rechte geben.
Und dann musst du irgendwie auch noch an Daten von der Firmware des Sticks ran kommen. Da müsste man evtl. mal direkt beim Hersteller anfragen.
Alles in allem musst du dann auf deinem Atmel einen kompletten Treiber schreiben der sich dann irgendwie mit dem Stick versteht.

Dann weiß ich auch nicht ob ein Stick evtl. generell ein Dateisystem braucht ober ob man bei ihm auf die Einzelnen Bytes direkt zugreifen kann...