Das mit dem Takt sollte funktionieren.
Ich verwende auch PonyProg, es funktioniert eigentlich problemlos, nur bei den Fuses lesen ist mir schon einigemale aufgefallen das beim lesen, dann etwas anderes einstellen, dann aber nicht schreiben sondern nochmal lesen, etwas anderes in den Fuses drinstand. Allerdings nicht reproduzierbar.
Ich habe mir aus diesem Grund und auch aus Gründen der Bequemlichkeit da ich mit dem AVR-Studio arbeite, den USB AVR-ISP von www.ullihome.de/index.php/Hauptseite#USB_AVR-ISP
gebaut. Damit sollte es solche Unannehmlichkeiten nicht mehr geben.