Ich kenne mich mit AVR-Mikrocontrollern zwar nicht so gut aus, aber da müsste es doch eine Möglichkeit geben Interrupts zu sperren?
Am Anfang der Interrupt-Routine sperrst du also den Interrupt und startest einen Timer welcher nach 100ms überläuft. Der Timer löst beim Overflow einen anderen Interrupt aus, in welchem du den gesperten Interrupt wieder freigibst.