... das heisst wenn ich jp6 setze ist das signal "geglättet" und ich kanns AD auslesen?
Ja, so isses.
Zu beachten:
JP5 muss offen (abgezogen sein).
Zum Messen mit ADC solltest du 50 Messungen über 100ms durchführen und mitteln (alle 2ms ein Wert).

Gruß Dirk

P.S.: Besser ist natürlich das Auslesen über I2C oder über die PWM!