Ändern sich die Signale denn so schnell, dass das Problem ausserhalb der Theorie überhaupt besteht? Dann würde ich erstmal filtern und wenn das immer noch nicht reicht, meinetwegen wirklich C's vor die Eingänge setzen, dann aber mit CMOS-Schaltern (4066-Style, gibt's auch als Single-Gates) schalten; MOSFETs bringen zu viele Probleme mit sich (Body-Diode, Vgs(th)...) arbeiten. Guck Dir die Eingangsbeschaltung des ADC im Datenblatt an: es wird dort ein Kondensator mit ein paar pF zum "samplen" an die Eingänge gelegt - wenn Du 1LSB Genauigkeit bei einem 10-bit-Wandler haben willst, muss Dein S&H-Kondensator also >>1000 mal so groß sein, um beim Ladungstransfer die Spannung nicht zu verfälschen.
Oder Du schaltest die Eingänge als Differenzeingänge und legst den "negativen" Eingang auf Masse - bringt dann aber einen zusätzlichen Fehler mit rein.