So. Lösung:

Ich habe die entsprechenden Kontakte von den Modulen mal abgelötet und siehe da - PonyProg erkennt den Mega32. (Den Tiny allerdings nicht *g*)

Ist es also tatsächlich nicht möglich, die µC mit angelöteten Modulen zu programmieren? Ärgerlich...

Edit: Den Tiny erkennt er jetzt auch. Meine alte Version von PonyProg kannte noch keinen AtTiny2313... Die neue Version kanns und es geht.

Also Lösung insgesamt:
- Neuestes PonyProg
- Transistor auslöten
- Module vom SPI ablöten