Zum debuggen wäre der Simulator von AVRStudio bestimmt besser als ein Oszilloskop.
Die üblich Methode um das PWM Signal zu erzeugen, ist es die Kanäle weitgehend unabhängig zu berechnen. Also einen Zähler hochlaufen lassen und für die Kanäle eine 1 ausgeben, für die der Wert größer als der Zähler ist. Der eine Zähler kann für mehrere Kanäle benutzt werden, aber sonst sind Kanäle unabhängig. Wenn man es mit Interrrupt realisieren will, dann macht der Interrupt im wesentliche folgendes:
1) Kanal 1 mit Zähler vergleiche und 1 oder 0 ausgeben
2) Kanal 2,3,... mit Zähler vergleiche ...
3) Zähler hochsetzen
4) testen of Zähler fertig ist -> neu von 0 Starten


Für die Servos muss nach dem Puls noch eine Lange pause dazu.