Bei CodeVision AVR läuft das folgendermassen.
Bei der Deklaration der Variablen-

Beispiel:
eeprom unsigned int ee_testvar=1234; /* Die EEPROM Variable */
volatile unsigned int ui_testvar; /* Die Spiegel Variable im RAM */

wird eine .eep Datei angelegt.
Wenn man diese beim Proggen in den Controller schreibt sind die default Werte schon mal drin.

Beim Programmstart wird diese Variable wieder eingelesen

ui_testvar=ee_testvar;

und kann ganz normal im Programm wieder verwendet werden.

Will man einen neuen Wert wieder in das EEPROM zurückschreiben geht das einfach so.

ee_testvar=ui_testvar;

Wie das bei Win AVR zu machen ist kann ich leider nicht sagen.
Ich lese grundsätzlich alle ofter benötigten EEPROM Variablen beim Programmstart in normale Variablen ein, da ein Zugriff auf das EEPROM wesentlich länger dauert, als ein Zugriff aufs RAM