Naja, im Prinzip ist das alles "ganz einfach" ...

der µC hat im Speicher dein Programm als Maschinencode (noch eine Stufe unter Assembler), und einen Zähler der nach dem Reset auf die erste Speicherstelle zeigt.

Dann liest er einen Befehl ein, wertet ihn mit einem speziellen Decoder aus (dieser bestimmt wie der Controller auf welchen Befehl reagiert, bzw. welche Befehle er überhaupt versteht), und leitet die entsprechenden Aktionen ein (z.B. einen Wert in irgendein Register kopieren, oder mit der ALU zwei Register addieren). Außerdem muss natürlich der Zähler eins hoch zählen, damit der nächste Befehl eingelesen werden kann wenn der erste abgearbeitet worden ist.


Das mal nur als ganz ganz grober Überblick, aktuelle Mikrocontroller weichen teilweise erheblich von dem einfachen "Befehl holen, Befehl decodieren, Aktionen ausführen, nächsten Befehl holen" Ablauf ab (da wird dann z.B. schon der nächste Befehl geladen während der erste noch ausgeführt wird etc.)