Die Freilaufdioden gehören parallel zum Motor, können also nicht in den FETS integriert sein, das klappt nur bei einer Brückenschaltung. Die Supercaps haben eine recht hohen innenwiederstand und können daher kurze Lastspitzen nicht gut abfangen. Ein 100uF Elko wären am Prozessor schon hilfreich 100nF an Reset halte ich für übertrieben, auch wenn man das häufiger sieht, mir reichen eigentlich immer 1nF oder 100pF.

Ein Mega48/88 wäre wirklich besser, dann aber besser gleich die PV Version (die nur V Version wird ohnehin eher schwerer zu kriegen sein).