Mit R14 schützt du nur die Z-Diode aber nicht den ATmega, der Widerstand gehört in die VCC-Leitung. Wenn du Kondensatoren wie C6 / C8 und C1 / C9 in Serie schaltest solltest du hochohmige Widerstände parallel schalten, Goldcap sind sehr empfindlich gegen Überspannung.
Schau mal im Datenblatt nach was die Dioden in den FETs aushalten, ich würde sie nicht als Freilaufdioden hernehmen.
100n an den Reset-Pin würden auch nicht schaden.