Die größe der Kondensatoren macht mich etwas Stutzig: sind mit 470m superkondensatoren mit 0,47 F gemeint ? C5 sollte aber wohl 100 uF sein.
Ein normaler Elko (100uF bis 470uF) parallel zu C1/C9 könnte in der Schaltung auch nicht schaden. An den Motoren Fehlen übrigens noch Freilaufdioden um die FETs (und die Elkos C3/C4) zu schützen, den ein Motor ist auch eine Induktive Last.

Der Widerstand R14 sollte nicht in Reihe zu Zenerdiode sein, sondern eher in Reihe mit Q5.

Es könnte sein das die Spannung nicht besonders stabil ist und Störungen von den Motoren den Prozessor zum stoppen bringen. Das Layout sieht schon etwas Komisch aus. Sind das etwa 3 Layer für so eine einfache Schaltung ?