Es gibt auch einige Board mit sogenantem Bootloader. Da kann man dann ohne ISP über USB oder Serielle Schnittstelle programmieren je nach dem was auf dem Board drauf ist. Ein Beispiel ist der AVR_Butterfly:
http://www.mikrocontroller.net/articles/AVR_Butterfly

Eine andere alternative wäre das STK500. Das ist ein fertiger ISP Programmierer für externe Schaltungen und Prozessoren direkt auf dem Board.