Ich hatte auch mal ähnliche Probleme. Es scheint da einige Probleme mit dem Zusammenspiel von AVRStudio und WINAVR geben. Bei mit ließ sich kein Porjekt file vom GCC typ laden. Das Problem ist nicht ganz unbekannt. Mit neueren Versionen von ARVstudio (4.13 Build 557, Service PACK 1) und WinAVR(20070525) kriege ich die Abstürze wenigstens nur noch selten. Für AVR Studio gibt es auch ein service pack das im gewissen rahmen ein Update durchführt.
Die älteren Versionen von AVRstudio hatten probleme mit dem umschalten ziwschen simulator und compiler/Assembler. Dieses Problem soll behoben sein und ist bei mir auch nicht mehr aufgetreten.

Wenn man schon neu installiert dann würde ich die die neueren Versionen empfehlen (wenigstens wenn bei DSL Verbindung).