hm ich sehe das problem nicht. warte auf eine high-flanke, dann startest du den counter. da dieser im hintergrund läuft, brauchst du dich um nichts zu kümmern und dein programm kann normalen aufgaben folgen. wenn der pin wieder low wird, wird der counter gestoppt. wenn das programm es dann zulässt und nichts anderes zu tun hat, kann der counter ausgelesen und der wert bearbeitet werden.

dazu muss das hauptprogramm eigentlich gar nicht unterbrochen werden.